В общем, гораздо проще описать хронологию событий. В далеком 2011 году был установлен лицензионный FSX deluxe edition. Спустя пару месяцев, в виду определенных обстоятельств, FSX был переустановлен без каких-либо проблем. Затем устанавливал аддоны: сперва установленные нелегальным путем, затем удаленные и купленные. После сим был перенесен на внешний жесткий диск. И всё было хорошо, пока в один прекрасных зимний день 8 июня 2014 года не появился предвестник проблем. http://www.avsim.su/…проблема-в-fsx/
К слову, эта проблема отсутствовала после удаления Acceleration pack и даунгрэйда до SP 1 и связана с проблемой с видеокартами. Но так продолжаться не могло, ибо я оказался лишен таких благ, как PMDG 737 NG и прочих радостей. По незнанию попытался удалить сим без использования диска: кое где нашел unist и удалил. Само собой, ничего не удалилось, кроме Exe и некоторых DLL. По своей уже тупости переместил папку с покалеченным симом в корзину. Таки нашел диск в надежде установить, но он мне выдал: исправить/ удалить. Ладно, нажал удалить, но он написал что-то вроде, что директория сима ошибочна. Но, уже ничего не вернуть, ибо сим в корзине, а корзина почищена. Полез в интернет, «испытывая боли в сердце» прочитал, как правильно удалять сим. И тут я проклял всех: от разработчиков дополнений(за то, что используют инсталлеры) до пиратов(собтвенно, из-за чего используют инсталлеры). Ну ладно, скачал уже пиратский FSX — картина та же: удалить/исправить. Ну, удалил все папки FSX из ProgramFiles/My documents; почистил реестр, удалил аддоны, перезарузил ПК. Ok, больше окно удалить исправить не предлагает, однако выскакивает ошибка: You can’t upgrade between the standart and deluxe versions of MSFX. Unistall your current version and restart this install. Разумеется, сразу же полез в google, единственное, что нашел http://www.flightsim…p/t-248392.html. Но вот беда: никаких упоминаний об FSX бльше на ПК не осталось, да и эти способы я уже пробовал ранее. Скачивал несколько унистоллеров(Revo, Unistall tool), но и там ничего нет. Как дальше жить ? 
Когда чистите реестр, нужно несколько раз пробегать поиском с самого верха до низа по слову «fsx». Раз 5-6 точно! Потом удалить все упоминания C:UsersXXXAppData. Перезагрузиться и еще раз проверить реестр!!
В точности так я и делал. К слову, искал н только fsx, но flight simulator x(.10)
А! В Documents тоже все стереть нужно!
у меня тоже такая ошибка была как-то давно, только удаление у меня не удавалось из-за посыпавшегося винчестера. и так же не помогала чистка реестра и всех сопутствующих fsx папок на компе. не помню точно, но вроде бы помогла последняя (со злости) чистка реестра только по одному слову «flight». ничего больше дописывать к нему в поиске в реестре навроде «flight simulator» не надо. после этого нашлись ещё хвосты в реестре, которые были пропущены. после чистки этих хвостов сим установился нормально
забыл. в самой папке windows есть еще файлы (нет сейчас под рукой сима, не могу сказать точно где они), относящиеся к симулятору, их тоже надо удалить, тоже можно найти поиском по «flight»
У меня аналогичная проблема. Прям один в один. Выполнил все вышеперечисленные действия — ничего не помогает.
Я искал по всему: fs, fsx, flight. Усложнило еще и то, что у меня стоить Девятка.
Я все удалил. А это в первую очередь. Абсолютно. Никаких файлов папок «fs, flight simulator», кроме девяточных не осталось.
Попробуйте ещё очистку реестра из http://www.piriform.com/ccleaner
Настало время и я столкнулся с подобной проблемой, на компьютере не осталось ни одного упоминания об FSX, ни в реестре, ни в папке Windows, ни в пользовательских папках, продолжает выдавать эту идиотскую ошибку, может как-то можно в обход этой проверки на наличие уже установленной версии запустить инсталлер?