Все папки, кроме Tupolev_Tu144D_saved_lvars, нужно скопировать в корневую папку симулятора (например, в D:\games\Microsoft Flight Simulator 9\)
Папку Tupolev_Tu144D_saved_lvars скопировать:
- в Windows XP в X:\Documents and Settings\<user name>\Application Data\
- в Windows Vista и Windows 7 в X:\Пользователи\<user name>\AppData\Roaming\

Для того, чтобы эти папки были видны, должно быть включено отображение скрытых файлов и папок (Панель управления->Свойства папки->Вид->Показывать скрытые файлы и папки)